La unidad inició sus actividades el año 1967 con el objetivo de estudiar los aspectos neurológicos del habitante normal de la altura. Inicialmente los estudios fueron emprendidos por investigadores extranjeros, en especial franceses, sin participación de especialistas bolivianos, habiéndose efectuado investigaciones referidas al estudio de la circulación cerebral y el consumo de oxígeno a nivel cerebral en habitantes de altura. Posteriormente, por un acuerdo con el Hospital de Clínicas de La Paz, la unidad funcionó en ambiente hospitalario desde 1975 hasta el año 1996, con un electroencefalógrafo donado por la Cooperación Francesa al IBBA. En los años 70 se iniciaron estudios electroencefalográficos tanto para la investigación como para la Prestación de Servicios.

Posteriores misiones de investigación de profesionales franceses y norteamericanos permitieron estudios y publicaciones novedosas. La actividad de investigación propia de la unidad concluyó con un Estudio Epidemiológico de la población de Viacha, en el que participaron docentes y estudiantes de la Facultad de Medicina y todo el personal de investigadores del IBBA. Los resultados de este estudio multidisciplinario fueron publicados localmente, habiéndose podido determinar la epidemiología de altura del Sistema Nervioso Central, así como la incidencia de Enfermedad Vascular Cerebral el la localidad de Viacha. Desde el año 1996, la Unidad presta servicios de electroencefalografía a la población, en especial de escasos recursos, cumpliendo el mandato de la interacción social de la Universidad Mayor de San Andrés y participa esporádicamente en estudios electroencefalográficos de sujetos con eritrocitosis excesiva dentro del Proyecto Mal Crónico de Altura.