La unidad fue creada virtualmente el año 1997, aun cuando algunos estudios en animales fueron iniciados en el IBBA el año 1992. Los objetivos de su creación fueron: responder a las necesidades de una investigación moderna bajo principios éticos, que permita resultados novedosos sobre la vida en la altura, profundizar a través de experiencias en animales, estudios de fisiología humana imposibles de ser realizados en el hombre por razones éticas, realizar estudios en diferentes especies animales cuyos resultados sean de interés nacional e internacional. La unidad fue creada física y estructuralmente el año 2001, con ambientes equipados para estudios fisiológicos de la ventilación en ratas por el método pletismográfico, para estudios en animales sacrificados y un ambiente para incubación de huevos de aves. Finalmente la Fisiología Experimental cuenta con un Bioterio constituido por 14 ambientes construidos en una superficie de 325 m2 con el apoyo financiero de la Cooperación Francesa.

Desde su creación, importantes trabajos han sido efectuados en el campo de la Fisiología Experimental y el resultado mas importante es el de haber logrado la cría y la reproducción controlada de la única cepa en el mundo de ratas Sprague Dawley adaptadas a la altura, situación que favorece al IBBA por el creciente interés de investigadores para estudios experimentales en nuestro medio. Desde el año 1997, en la unidad se han producido nueve trabajos publicados en medios internacionales de difusión científica. Dos trabajos efectuados en la unidad por investigadores extranjeros y nacionales han concursado obteniendo el año 2000 el "Primer Premio Mundial al mejor trabajo de investigación en altura" otorgado por la Sociedad Mundial de Medicina de Montaña y el "Primer Premio a la investigación en el área de la Salud" otorgado por la Universidad Mayor de San Andrés durante la EXPO UMSA 2002.