A inicios del año 1966, se instalan los laboratorios de Exploración Funcional Respiratoria en ambientes concedidos por el Instituto Nacional del Tórax, institución que en la época tenía la prioritaria necesidad de utilizar parámetros cardíacos y respiratorios normales para su aplicación en el avance de la cirugía cardiaca y pulmonar del momento. Las primeras investigaciones, en las que se utilizó un moderno equipamiento donado por la Cooperación Bilateral Francesa, estuvieron dirigidas al estudio de la regulación de la ventilación y la mecánica de la ventilación a través de estudios comparativos entre nativos residentes permanentes de altura y del nivel del mar. Los resultados de estos trabajos fueron objeto de publicaciones a nivel nacional e internacional.

La medicina boliviana tuvo un avance considerable con todos estos estudios; el conocimiento de las normas bajo las cuales debe ser evaluado y tratado el paciente residente de altura, se transformó con el tiempo en una herramienta de valoración rutinaria en todos los servicios hospitalarios en los cuales se utilizan diariamente los resultados de exámenes de gasometría en sangre arterial, difusión alveolo-capilar, espirometría, mecánica de la ventilación y sensibilidad de los centros respiratorios a la hipoxia ambiental.

Posteriormente, en el año 1979, el IBBA se constituye en la única institución que incursiona en el campo de la Plestismografía Corporal Total para la investigación y el estudio de la función respiratoria en pacientes, especialmente, del área de la Neumología, este sistema electrónico de alto costo, fue obtenido gracias a la participación del Hospital Universitario de Bordeaux. Entre 1980 y 1995, la unidad realizó investigaciones conjuntas con laboratorios de universidades norteamericanas (Michigan, Ohio) que además de novedosos resultados científicos, incrementaron el activo fijo de la unidad con equipamiento portátil, permitiendo importantes estudios de campo en área rural.

El año 1996, luego de la re-estructuración institucional del IBBA, la Cooperación Bilateral Francesa puso a disposición de la Unidad de Fisiología y Fisiopatología Respiratoria fondos extraordinarios que fueron destinados a la renovación del material más importante, habiendo logrado un equipamiento parcial con aparatos modernos (Pletismógrafo Sensor Medics, Analizador de gases en sangre arterial ABL 500 Radiometer, Analizadores de gases, Oxímetros, registradores y otros), últimamente el desarrollo de proyectos conjuntos con la Universidad de Colorado- USA, nos permite contar con un sistema electrónico para el estudio específico de la respuesta ventilatoria, estos medios y los recursos humanos especializados en la investigación tanto fundamental como aplicada, mantienen al IBBA en el liderazgo de los estudios funcionales respiratorios y la investigación a nivel nacional y regional en el campo de la patología de altura.

Los investigadores de la unidad han participado en la docencia de pre grado de las diferentes carreras de la Facultad de Medicina hasta el año 1992. La participación en las actividades de formación de post grado, se mantienen en la actualidad.